MEMEが見つけるモチーフの中身

たとえリピートをマスキングしてから実行したとしても、MEMEは沢山のモチーフを提示してくれる。

ランダムにサンプリングしたプロモーター配列をMEMEに渡すと、MEMEが発見するモチーフの傾向がつかめる。

転写開始点付近のGCに富む領域、Alu配列の下流にあるA-richな領域などが目立つ。A-richな領域はリピートマスキングでもマスクされないのでどうしてもMEMEが拾ってしまう。

ハズレらしきモチーフは極端に長い傾向にある。特にGCに富む領域の場合、ひとつの配列に類似のモチーフが複数見つかる。もちろん、ハズレと断定できるわけではないのだが、このような傾向があることを知っておくのは重要だと思う。