高速シーケンスのデータをリファレンスにアライメント

BWA（Burrows-Wheeler Aligner）を使って

生データ（.fastq）をリファレンス（.fasta）にアライメントする（.sam）

必要なファイル

　ref.fasta リファレンスゲノム（multiple fasta）

　fastq1.txt FASTQデータ

　fastq2.txt FASTQデータ（paired-endの場合はFASTQを２つ）

bwa index

　bwa index -a is <ref.fasta>

　→　８種類のファイルが作られる

　　　（.amb, .ann, .bwt, .pac, .rbwt, .rpac, .rsa, .sa）

bwa aln

　bwa aln <ref.fasta> <fastq1.txt> > <aln.result1.sai> | 

　bwa aln <ref.fasta> <fastq2.txt> > <aln.result2.sai>

　→　single-endの場合は上の１行のみ

　　　.saiファイルが作られる

bwa sampe（paired-endの場合）

　bwa sampe <ref.fasta> <aln.result1.sai> <aln.result2.sai> <fastq1.txt> <fastq2.txt> > <sampe.result.sam>

　→　.samファイルが作られる

bwa samse（single-endの場合）

　bwa samse <ref.fasta> <aln.result1.sai> <fastq1.txt> > <samse.result.sam>

　→　.samファイルが作られる