MEMEの前にリピートをマスク

MEMEを使ってプロモーター中のモチーフ探しをすると、意味がありそうな、なさそうな、保存性の高いエレメントが多数ヒットすることがある。これらは通常とても長い。ゲノムにはAluなどのリピート配列が多く、それらが解析対象のプロモーター配列セットの中に沢山含まれてしまっているためだ。

MEMEでDNAモチーフを探すときは、あらかじめリピートをマスクしたFASTAを用いるべきだろう。


リピートのマスキングには、giri（Genetic Information Research Institute）のRepeat Maskingツール「CENSOR」が使える。生物種（Sequence source）を指定し、Report simple repeatsをチェックし、FASTAを与えて実行すると、リピート部分の塩基を「X」に置き換えたFASTAを返してくれる。もちろん、どのようなリピートがどこにヒットするかも教えてくれる。

都合のいいことに、CENSORが返してくれたFASTA（「X」でリピートがマスクされたもの）は、そのままMEMEに与えることができる。