MEMEでモチーフ探し

ある一群のDNA配列が特定のエレメントをもつかどうかを知りたい。例えば、転写因子が結合するエレメントがあると期待している。そんなときは、MEMEが便利。


MEME (Multiple Em for Motif Elicitation)


MEMEに一群の配列を渡すと、その中に存在するエレメントをLOGOとして返してくれる。


 MEMEは、ダウンロードして自分のmacで走らせることができる。サーバの混雑に影響されずに済むし、CUIだとパラメータを少しずつ変更しながらの作業が楽。 


自分のmacで走らせると、指定したディレクトリにHTML書類（meme.html）を出力してくれる。同じディレクトリに発見されたモチーフの順鎖と逆鎖のPNG画像（logo1.png, logo_rc1.png等）があり、HTMLをブラウザで開くとそれらが参照される。


meme.txtと名付けられたファイルに重要な情報がまとめられている。こちらからコピペすれば、HTML越しに作業をするより楽。 meme.txtにはモチーフの定義が記述されており、これを切り抜いて個別のファイルにしておくとFIMO (Find Individual Motif Occurences)に渡すことができる。




アウトプットについての情報

MEME Suite Motif File Formats

モチーフのフォーマットはこちら
MEME Minimal Motif Format (sample DNA motif)