こんな結果。
$ PeakAnnotator TSS peaks.bed genes.bed out/tss.txt
Starting...
Reading BED File
Files must be sorted by chromosomes,start position, end position
ということで、左のカラムを優先して全カラムをソートする関数を作った。
行列xに適用すれば並べ替えてくれる。普遍的に使える。列数の限界なし。
sort.left <- function(x,decreasing=FALSE){
n <- ncol(x)
colnum <- n
for (i in 1:n){
x <- x[order(x[,colnum],decreasing=decreasing),]
colnum <- colnum-1
}
return(x)
}
以下、挙動の確認
４列のマトリックスに１から８をランダムに入れた。
> x <- matrix(sample(1:8,4*16,replace=T),ncol=4)
xの中身を確認。
> x
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 2 5 5 2
[2,] 3 4 8 2
[3,] 5 6 8 1
[4,] 2 6 2 4
[5,] 2 2 2 4
[6,] 5 6 4 7
[7,] 7 1 6 1
[8,] 7 1 8 7
[9,] 4 2 8 8
[10,] 8 4 2 6
[11,] 5 2 4 4
[12,] 5 1 4 5
[13,] 8 7 4 7
[14,] 4 5 7 5
[15,] 6 5 3 7
[16,] 6 5 5 6
関数「sort.left()」を適用。
１列目が同じ場合には２列目（１行目と２行目を参照）が、２列目まで同じ場合には３列目（９行目から１４行目参照）が、ちゃんと昇順になっているのがわかる。
> sort.left(x)
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 2 2 2 4
[2,] 2 5 5 2
[3,] 2 6 2 4
[4,] 3 4 8 2
[5,] 4 2 8 8
[6,] 4 5 7 5
[7,] 5 1 4 5
[8,] 5 2 4 4
[9,] 5 6 4 7
[10,] 5 6 8 1
[11,] 6 5 3 7
[12,] 6 5 5 6
[13,] 7 1 6 1
[14,] 7 1 8 7
[15,] 8 4 2 6
[16,] 8 7 4 7
引数の「decreasing」はデフォルトでFALSEだが、TRUEを与えると降順になる。
> sort.left(x,T)
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 8 7 4 7
[2,] 8 4 2 6
[3,] 7 1 8 7
[4,] 7 1 6 1
[5,] 6 5 5 6
[6,] 6 5 3 7
[7,] 5 6 8 1
[8,] 5 6 4 7
[9,] 5 2 4 4
[10,] 5 1 4 5
[11,] 4 5 7 5
[12,] 4 2 8 8
[13,] 3 4 8 2
[14,] 2 6 2 4
[15,] 2 5 5 2
[16,] 2 2 2 4
せっかくなので、右側優先の関数もつくった。
sort.right <- function(x,decreasing=FALSE){
n <- ncol(x)
colnum <- n
for (i in 1:n){
x <- x[order(x[,n-colnum+1],decreasing=decreasing),]
colnum <- colnum-1
}
return(x)
}
xに関数「sort.right()」を適用。
最右列から優先的にソートされる。
> sort.right(x)
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 7 1 6 1
[2,] 5 6 8 1
[3,] 2 5 5 2
[4,] 3 4 8 2
[5,] 2 2 2 4
[6,] 2 6 2 4
[7,] 5 2 4 4
[8,] 5 1 4 5
[9,] 4 5 7 5
[10,] 8 4 2 6
[11,] 6 5 5 6
[12,] 6 5 3 7
[13,] 5 6 4 7
[14,] 8 7 4 7
[15,] 7 1 8 7
[16,] 4 2 8 8
もちろん降順もできる。
> sort.right(x,T)
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 4 2 8 8
[2,] 7 1 8 7
[3,] 8 7 4 7
[4,] 5 6 4 7
[5,] 6 5 3 7
[6,] 6 5 5 6
[7,] 8 4 2 6
[8,] 4 5 7 5
[9,] 5 1 4 5
[10,] 5 2 4 4
[11,] 2 6 2 4
[12,] 2 2 2 4
[13,] 3 4 8 2
[14,] 2 5 5 2
[15,] 5 6 8 1
[16,] 7 1 6 1
列が増えても大丈夫。
> y <- matrix(sample(1:4,6*16,replace=T),ncol=6)
> sort.left(y)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,] 1 1 1 3 4 3
[2,] 1 2 3 3 1 4
[3,] 1 3 1 1 1 2
[4,] 1 3 3 3 2 3
[5,] 1 4 1 3 4 1
[6,] 1 4 3 4 1 3
[7,] 2 1 3 4 2 3
[8,] 2 1 4 1 2 4
[9,] 2 1 4 2 4 4
[10,] 2 2 1 3 4 4
[11,] 2 3 1 4 3 3
[12,] 3 1 4 4 3 1
[13,] 4 3 1 1 4 3
[14,] 4 3 1 3 1 2
[15,] 4 4 3 2 1 3
[16,] 4 4 3 2 2 1
> sort.right(y,T)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,] 2 2 1 3 4 4
[2,] 2 1 4 2 4 4
[3,] 2 1 4 1 2 4
[4,] 1 2 3 3 1 4
[5,] 1 1 1 3 4 3
[6,] 4 3 1 1 4 3
[7,] 2 3 1 4 3 3
[8,] 2 1 3 4 2 3
[9,] 1 3 3 3 2 3
[10,] 1 4 3 4 1 3
[11,] 4 4 3 2 1 3
[12,] 4 3 1 3 1 2
[13,] 1 3 1 1 1 2
[14,] 1 4 1 3 4 1
[15,] 3 1 4 4 3 1
[16,] 4 4 3 2 2 1
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