IGVの調整によりwiggle等を開けるようにする

IGVの調整によりwiggleを開けるようにする

MACSが作成したwiggle（.wig）のヘッダー情報にある染色体名（chrom=）がIGVで用いるアセンブリと一致しない場合、wiggleのヘッダーを書き換える以外に、IGVの設定を調整するという解決策もある。

macなら、ホームフォルダに「igv」というフォルダがあり（IGV 2.0のときは不可視化されていた？）、その中の「genomes」に、エイリアスファイルなるものを作って入れてやるだけで良い。

詳しい説明はこちら。

Creating a Chromosome Name Alias File

.wigと染色体名が一致しない問題は、BWA等によるアライメントの時に使用するリファレンスゲノム（.fasta）の染色体名をあらかじめIGVに合わせておくことで回避できるが、様々なソースから得たGFFやBEDなどもまた、染色体名の記述方法が異なる場合がある。その都度書類を書き換えるより、上記のごとくIGVの設定を変更しておくと楽。