必要なデータ
ref.fasta リファレンスゲノム
in1.bam サンプル＃１のデータ
コマンド
samtools mpileup -D -f <ref.fasta> <in1.bam> <in2.bam> > <mpileup.result1.txt>
生成されるデータ
ref.fasta.fai
mpileup.result1.txt
mpileup.result1.txtの内容
１行目：染色体名
２行目：塩基番号（1~）
３行目：塩基（A, T, G or C）
４行目：depth <in1.bam>
５行目：リードの方向（"." or ","） <in1.bam>
６行目：対応するクオリティー <in1.bam>
７行目：depth <in2.bam>＊
８行目：リードの方向（"." or ","） <in2.bam>＊
９行目：対応するクオリティー <in2.bam>＊
＊インプットが１つの場合、６行目まで
生成されるデータを軽量化する（リードの方向やクオリティーを省く）
コマンド
samtools mpileup -D -f <ref.fasta> <in1.bam> <in2.bam> | awk '{print($1,$2,$3,$4,$7)}' > <mpileup.result2.txt>
mpileup.result2.txtの内容
１行目：染色体名
２行目：塩基番号（1~）
３行目：塩基（A, T, G or C）
４行目：depth <in1.bam>
５行目：depth <in2.bam>
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