高速シーケンスデータからBAMを得てバリアントをコールする

BWAによるアライメントの続き

samtools & bcftools

アライメントデータ（.sam）をバイナリデータ（.bam）に変換し、バリアント（SNP, indel）をコールする

bcftoolsはsamtoolsについてくる

必要なファイル

　ref.fasta

　fastq1.txt

　samse.result.sam

　sampe.result.sam

samtools view

　samtools view -uS <input.sam> | samtools sort - <name>

　→　.bamファイルが作られる（name.bam：sort済みのuncompressedな.bam）

samtools rmdup

　samtools rmdup -s <imput.bam> <output.bam>

　→　PCR duplicatesが取り除かれる

samtools index

　samtools index <input.bam>

　→　.baiファイルが作られる

samtools flagstat

　samtools flagstat <input.bam> > <output.txt>

　→　リードのマップ状況などに関する統計が表示される

samtools idxstats

　samtools idxstats <input.bam> > <output.txt>

　→　各染色体にマップされたリードの数が表示される

samtools pileup

　廃止された（現在はmpileupを使用する）

samtools mpileup（variantのコール）

　samtools mpileup -uf <ref.fasta> <input.bam> | bcftools view -bvcg - > <output.raw.bcf>

　→　.bcfファイルが作られる（uncompressed BCF: binary call format)

bcftools view

　bcftools view <input.raw.bcf> | vcfutils.pl varFilter -D10000000 > <output.var.flt.vcf>

　→　フィルター済みの.vcfファイルが作られる