IGVでwiggleを開く

MACSが解析したChIP-seqのデータ（.wig）をIGVで眺める。

必要なデータ

　<in.wig.gz>　MACSで作成したwiggle（.gzを解凍してもしなくても）

IGV（Integrative Genomics Viewer）はJavaで動くゲノムブラウザ。IGVのダウンロードページから、Binary distributionをダウンロードする。

IGV_2.1.17.zip（14.6 MB）を解凍し、igv.jarを起動。

生物（アセンブリ）を指定する。染色体名を確認する。「chr1」や「I」など、アセンブリにより染色体名の記述の仕方が異なる。

MACSが作成した.wig.gzを解凍して.wigにし、エディタで開いてヘッダーの２行目の「chrom=」の後ろを確認する。ここがIGVの記述方法と一致している必要がある。一致していなければ書き換える。

染色体名が一致していれば、.wig.gzのままでもIGVで開くことができる。

もうひとつのやり方はこちらを参照。