MACSでChIP-seqデータを解析

MACSはピークを検出するだけでなく、wiggle形式のデータも出力してくれる。

必要なデータ

　<treat.bam>　サンプル１

　<control.bam>　サンプル２

BWAとsamtools samseで、FASTQからBAMを得ておく。

他のパラメータ

　<genome.size>　ゲノムサイズを「1.5e+9」などの形で与える必要がある

　<name>　この名前のフォルダが作られる

コマンド

　macs14 -t <treat.bam> -c <control.bam> -f BAM -g <genome.size> -n <name> -w

作られるファイルとフォルダ

　<name>（フォルダ）

　　<name>_peaks.bed

　　<name>_peaks.xls

　　<name>_negative_peaks.bed

　　<name>_summits.bed

　　<name>_MACS_wiggle（フォルダ）

　　　control（フォルダ）

　　　treat（フォルダ）

＊ controlとtreatのフォルダに染色体毎のwiggle（.wig.gz）が作られる

＊ -wを与えなければwiggleは作られない

＊ コントロール（-c <control.bam>）は必ずしも必要ではない

.wigと.bedはIGVで開くことができる