.wigのtag countをmedianでノーマライズする

MACSが出力したwiggleのtag countや、samtools mpileup -Dあるいはsamtools depthで得られたdepthを比較解析したいとき、ノーマライズのひとつのやり方として、medianで割るという方法が考えられる。

Rを使えば簡単。

wiggleを読み込む。ヘッダー２行は省く（skip=2）。

wig <- read.table("<in.wig>",skip=2)

> head(wig)

  V1  V2

1  1   3

2 11  34

3 21  49

4 31  65

5 41  81

6 51 105

２列目のデータを、２列目のmedianで割った値で置き換える。

wig$V2 <- wig$V2/median(wig$V2)

> head(wig)

  V1          V2

1  1 0.007575758

2 11 0.085858586

3 21 0.123737374

4 31 0.164141414

5 41 0.204545455

6 51 0.265151515

小数点以下２桁にする

wig$V2 <- round(wig$V2,digits=2)

> head(wig)

  V1   V2

1  1 0.01

2 11 0.09

3 21 0.12

4 31 0.16

5 41 0.20

6 51 0.27

まとめてやるなら、

wig <- read.table("<in.wig>",skip=2)

wig$V2 <- round(wig$V2/median(wig$V2),digits=2)

必要に応じてread.tableで書き出したり、プロットしたりする。