MACSが出力したwiggleのtag countや、samtools mpileup -Dあるいはsamtools depthで得られたdepthを比較解析したいとき、ノーマライズのひとつのやり方として、medianで割るという方法が考えられる。
Rを使えば簡単。
wiggleを読み込む。ヘッダー２行は省く（skip=2）。
wig <- read.table("<in.wig>",skip=2)
> head(wig)
V1 V2
1 1 3
2 11 34
3 21 49
4 31 65
5 41 81
6 51 105
２列目のデータを、２列目のmedianで割った値で置き換える。
wig$V2 <- wig$V2/median(wig$V2)
> head(wig)
V1 V2
1 1 0.007575758
2 11 0.085858586
3 21 0.123737374
4 31 0.164141414
5 41 0.204545455
6 51 0.265151515
小数点以下２桁にする
wig$V2 <- round(wig$V2,digits=2)
> head(wig)
V1 V2
1 1 0.01
2 11 0.09
3 21 0.12
4 31 0.16
5 41 0.20
6 51 0.27
まとめてやるなら、
wig <- read.table("<in.wig>",skip=2)
wig$V2 <- round(wig$V2/median(wig$V2),digits=2)
必要に応じてread.tableで書き出したり、プロットしたりする。
