R: wigもつくる

せっかく自動でgffをつくったので、wigもつくってみる。
まず、前回の「gff.gen()」に若干の修正を加えてgffを得る。

gffをつくる関数

gff.gen <- function(n=1000,chrnum=3,type="protein_coding"){

chrs <- paste("chr",1:chrnum,sep="")

source <- "R"

type <- type

dots <- rep(".",n)

chr <- sample(chrs,n,replace=T)

start <- sample(1:9990000,n)

end <- start+1500+(round(rnorm(n)/2*500))

strand <- sample(c("+","-"),n,replace=T,prob=c(0.5,0.5))

id <- paste("gene",1:n,sep="")

gff <- data.frame(chr,source,type,start,end,dots,strand,dots,id)

return(gff)

}

gffをつくってソート

gff <- gff.gen(1000,3,"protein_coding")

gff <- sort.left(gff)

このgffの中の一部の遺伝子の5'末端にふくらみのあるwigをつくる。

# wigをつくる関数（上のgffがあることが前提）

wig.gen <- function(chrnum=3){

# chrの名前をつくる

chrs <- paste("chr",1:chrnum,sep="")

# chr毎に作業する

for (i in 1:length(chrs)){

chr <- chrs[i]

# headerをつくる

wig.head1 <- paste("track type=wiggle_0 name=\"",chr,"\" description=\"generated by R\"",sep="")

wig.head2 <- paste("variableStep chrom=",chr," span=10",sep="")

wig.head <- c(wig.head1,wig.head2)

wig.head.file <- paste("head_",chr,".txt",sep="")

write(wig.head,file=wig.head.file)

# bodyをつくる

n <- 10000000

step <- 10

pos <- seq(1,n,step)

depth <- round(rnorm(1:length(pos),100,sd=2))

wig.body <- cbind(pos,depth)

# chr毎のgffをつくる

assign(paste("gff.",chr,".fw",sep=""),gff[gff$chr==chr&gff$strand=="+",])

assign(paste("gff.",chr,".rv",sep=""),gff[gff$chr==chr&gff$strand=="-",])

# bodyに変化を加える

y.rep <- nrow(get(paste("gff.",chr,".fw",sep="")))%/%5

for(y in 1:y.rep) {

tss <- sample(get(paste("gff.",chr,".fw",sep=""))[,4],1)%/%10

upst <- tss-19

dnst <- tss+20

hight <- sample(1:2000,1)

add.tag.upst <- round((cos(seq(1*pi,0,length=20))+1)*hight)

add.tag.dnst <- round((cos(seq(0,1*pi,length=20))+1)*hight)

wig.body[upst:tss,2] <- wig.body[upst:tss,2]+add.tag.upst

wig.body[(tss+1):dnst,2] <- wig.body[(tss+1):dnst,2]+add.tag.dnst

tss <- sample(get(paste("gff.",chr,".rv",sep=""))[,5],1)%/%10

upst <- tss-19

dnst <- tss+20

hight <- sample(1:2000,1)

add.tag.upst <- round((cos(seq(1*pi,0,length=20))+1)*hight)

add.tag.dnst <- round((cos(seq(0,1*pi,length=20))+1)*hight)

wig.body[upst:tss,2] <- wig.body[upst:tss,2]+add.tag.upst

wig.body[(tss+1):dnst,2] <- wig.body[(tss+1):dnst,2]+add.tag.dnst

}

# bodyを保存する

wig.body.file <- paste("body_",chr,".txt",sep="")

write.table(wig.body,file=wig.body.file,col.names=F,row.names=F,sep=" ")

# headerとbodyをつなげる

wig.file <- paste(chr,".wig",sep="")

sys.command <- paste("cat",wig.head.file,wig.body.file,">",wig.file,sep=" ")

system(sys.command)

# headerとbodyを消す

system(paste("rm",wig.head.file,sep=" "))

system(paste("rm",wig.body.file,sep=" "))

} # chr毎のループはここまで

} # この関数はここまで

上の関数を使ってwigをつくる

wig.gen(3)